Não. O encerramento do MEI é gratuito. Não é preciso pagar pelo processo e é bastante simples.
A baixa no registro ocorre mesmo que você tenha impostos atrasados. Mas nossa recomendação, no entanto, é tentar quitar os débitos antes de encerrar o CNPJ. Assim, você evita que a Receita Federal cobre impostos, contribuições e penalidades com juros. E se os valores não forem quitados, o seu CPF pode ser inscrito na dívida ativa da União e ser negativado.

Fique atento e declare a extinção da empresa no portal do Simples Nacional.
O atraso também pode gerar multa.