Não. O encerramento do MEI é gratuito.
A baixa no registro ocorre mesmo que você tenha impostos atrasados. Mas nossa recomendação é tentar quitar os débitos antes de encerrar o CNPJ. Assim, você evita que a Receita Federal cobre impostos, contribuições e penalidades com juros. E se os valores não forem quitados, o seu CPF pode ser inscrito na dívida ativa da União e ser negativado.
Fique atento e declare a extinção da empresa no portal do Simples Nacional. O atraso também pode gerar multa.